indeed原稿内にURLを複数掲載するのは問題ありません。

例えば、「応募はこちらから」のような、別サイトからの応募へ誘導するような掲載は、indeed規定によりNGとなっております。

ですが、会社情報を見てもらうためということでしたら、複数でも会社HPのURLを載せたほうが応募者への印象がよくなります。